中山大學建校歷程中，與香港淵源深厚。早在1886年，孫中山先生在中山大學醫科發源地博濟醫學堂學習後，又到香港繼續學醫。而在抗日戰爭期間，當時作為「抗日大本營」的中山大學遭到日機多次轟炸，距離廣東比較近的香港成為中山大學寄存校產的重要場所之一。
1979年，中山大學組團訪問香港大學、香港中文大學等高校，是改革開放以來內地最早訪港的高校代表團。不僅如此，中山大學還是內地首家開設港澳研究綜合性實體研究機構的高校。1983年，為迎接香港回歸祖國，中山大學成立內地高校首個港澳研究綜合性實體研究機構──中山大學港澳研究所，幾經重組、更名成為今天的國家高端智庫中山大學粵港澳發展研究院，見證、參與了港澳回歸和「一國兩制」從構想到落地的過程，對港澳經濟、法律、政治、社會、文化和教育等多方面進行深入研究，培養輸出許多粵港澳理論與實踐結合的高層次人才，為政府決策提供高水平智庫支持，也為港澳回歸後的繁榮穩定和新時代粵港澳大灣區的發展貢獻力量。2016年，中山大學與香港中文大學、澳門大學共同發起成立粵港澳高校聯盟，被列入《粵港澳大灣區發展規劃綱要》。
